本田正在开发第三代氢燃料电池系统，计划于2027年实现量产。相较于2016年推出的第一代系统，第三代系统的成本将降低至6分之1以下，耐久性提升至4倍以上。本田希望通过新系统提升氢燃料电池车的竞争力，并扩大应用范围。

目前，本田已在美国生产的氢燃料电池车CR-V e:FCEV中搭载了第二代系统。该系统由本田与通用汽车共同开发，并通过新结构电芯及提升生产效率，将成本降低至第一代系统的3分之1以下，耐久性提高至2倍以上。

然而，第三代系统将转为本田自主开发与生产，成本将进一步降低至第二代系统的一半以下，耐久性再次提升2倍以上。本田从1980年代下半开始进行氢燃料电池的基础研究，至今已推出多款氢燃料电池车，并制定到2040年只销售零排碳的纯电动车与氢燃料电池车的长期目标。

除了本田，丰田、宝马和现代等汽车厂商也在积极开发氢燃料电池系统和车辆，推动氢能源在汽车行业的应用。现代与通用汽车也缔结了战略性合作关系，共同发展氢能源等汽车环保及洁净能源技术。